私の工房と地下倉庫では梅雨時に、除湿機を夜間にかけます。一晩で、水タンクが満タンになることも珍しくはありません。
工房のお客様から、除湿機の使い方について尋ねられることも多いのですが、除湿機の使い方に関してはあまり神経質になる必要はありません。
部屋の湿度が高いと思ったら、ごく普通にかければ問題はありません。除湿機を作動させたからといって、部屋の湿度がカラカラに乾燥することはありませんし、ましてケース内の楽器に悪影響を及ぼしてしまうことはありません。
それどころか、部屋の湿度が高いと思ったら、積極的に除湿機をかけるようにしてください。
人間が、その部屋で快適と思えるくらいの室温や湿度がベストです。
補足になりますが、梅雨時や夏期にはコンプレッサータイプの除湿機がお勧めです。効率的に大量の水を取ることができますし、さらに部屋の温度が上がりにくいからです。
(梅雨、夏期限定ですが)お勧めなのは、三菱のコンプレッサータイプの除湿機です(私も使っています)。この除湿機は湿度設定が50%とか55%とかでできますので、夜間または留守中に50%(または55%)設定で付けっぱなしにしておけばよいのです。